Mestna občina Ljubljana naj bi namreč po ugotovitvah tedanjega ministrstva za šolstvo in šport pod vodstvom Igorja Lukšiča napačno navedla število diskontnega eksponenta, ki upravičuje višino stroškov (kar bi lahko vplivalo na končni izračun pripadajočega zneska), prav tako pa je v razpisu prijavila tudi dela, za katera so hkrati vložili terjatev do podjetja SCT, s čimer bi lahko prišlo do dvojnega financiranja. Zato je Slovenija na evropsko komisijo podala nižjo zahtevo za povračilo sredstev od prvotno predvidene, so za STA pojasnili na ministrstvu za izobraževanje, znanost, kulturo in šport.
A generalni direktorat evropske komisije za regionalno politiko je, kot so potrdili na ministrstvu za gospodarski razvoj in tehnologijo, zaustavil plačevanje vmesnih zahtevkov za plačila.
"Na podlagi poročanja medijev o domnevnih nepravilnostih v povezavi s projektom večnamenskega športnega stadiona Stožice je evropska komisija maja 2012 na slovenske oblasti naslovila zahtevo po podrobnejših informacijah (nanašale so se predvsem na vprašanje celovitosti projekta, velikosti projekta in državne pomoči)," so pojasnili na gospodarskem ministrstvu.
Kot navajajo, so v odgovoru na zahtevo sredi julija pojasnili predvsem celovitost in velikost projekta, evropska komisija pa je nato blokado sprostila in bo Sloveniji povrnila sredstva, ki jih je ministrstvo za izobraževanje, znanost, kulturo in šport Mestni občini Ljubljana (MOL) že nakazalo.
Ministrstvo je sicer MOL sprva nakazalo okoli 9,4 milijona evrov, kolikor je predvideval razpis. Zaradi omenjenih netočnih navedb v prijavi na razpis pa so MOL junija 1,9 milijona evrov zarubili. Ministrstvo in MOL sta zaradi tega še v sporu, upravno sodišče je zaradi postopkovnih napak ministrstva odpravilo sklep ministrstva o vračilu denarja ter odločanje ministrstvu vrnilo v ponoven postopek.
Na MOL so za STA povedali, da pričakujejo vrnitev zarubljenih sredstev. Na ministrstvu so pojasnili, da so v postopku ponovnega odločanja, kdaj bo odločitev znana, pa da težko napovejo. Če bi se izkazalo, da je MOL upravičen tudi do teh 1,9 milijona evrov, bi Slovenija po njihovih navedbah od evropske komisije verjetno težko naknadno zahtevala še dodatna sredstva. Razliko bi tako morali pokriti iz državnega proračuna.
Od v razpisu predvidenih skupno okoli 9,4 milijona evrov je ministrstvo MOL namreč sedaj plačalo le 7,5 milijona evrov, od česar bodo 6,4 milijona evrov dobili povrnjenih od EU.
Razpis za sofinanciranje investicij v športno-rekreacijsko infrastrukturo je takratno ministrstvo za šolstvo in šport objavilo julija 2010, mesec dni pred odprtjem Stožic. Od okvirne višine razpisanih sredstev (9,4 milijona evrov) naj bi okoli 8,1 milijona evrov prispevala EU.
Razpisni pogoji so med drugim določali, da vrednost investicije ne sme presegati 45 milijonov evrov, zaradi česar so se pojavila mnenja, da projekt Stožice, ki poleg na razpis prijavljenega stadiona vključuje tudi športno dvorano, ni primeren. Zaradi očitkov, da je razpis prilagojen MOL, so v DZ obravnavali tudi interpelacijo ministra Igorja Lukšiča.